伊能靜在2000年與歌手庾澄慶結婚，不過兩人在2009年宣告離婚育有1子“小哈利”。在2015年伊能靜與大陸演員秦昊再婚，去年6月喜迎“小米粒”出世，再婚生活依舊相當幸福。不過日前2人一同錄制育兒節目《媽媽是超人》，但男方育兒方式引起爭議，事后，伊能靜跳出來發文護夫，不過網友留言：“感覺還是哈林適合你”，伊能靜也針對留言回應了！

在日前播出的育兒實境節目中，伊能靜因為左眼皮腫脹到快看不見東西，只好在半夜臨時去看醫生。對此，秦昊卻叮囑著老婆要趕緊回家，因為怕自己一個人無法搞定夜里醒來的小米粒，此舉更讓伊能靜在該節目受訪時吐露心聲，她形容當時“累到極點”、“很想大哭”，這些片段播出后引來網友砲轟，認為秦昊很不負責任，第一時間，伊能靜發微博澄清秦昊是個好爸爸，只是因為節目剪輯關系引發誤會。